Αποστολή της ΣΜΥΝ είναι: Να παρέχει στους εισερχόμενους μαθητές, αφενός μεν την κατάλληλη στρατιωτική και ναυτική αγωγή αφετέρου δε την αναγκαία θεωρητική και πρακτική εκπαίδευση και τεχνική κατάρτιση με σκοπό να αποδώσει αξιωματικούς που θα είναι ικανοί να ανταποκριθούν στα καθήκοντα της ειδικότητας/τέχνης τους.

Η φοίτηση των μαθητών στην σχολή είναι διετής. Κατά την διάρκεια της οι μαθητές της ΣΜΥΝ εκπαιδεύονται σε θεωρητικά και πρακτικά μαθήματα και λαμβάνουν μέρος σε ολιγοήμερα εκπαιδευτικά ταξίδια με πλοίο ή πλοία του Π.Ν. Τα ταξίδια είναι διάρκειας δύο ή τριών ημερών και γίνονται μια φορά το μήνα κατά τις μη εργάσιμες ημέρες. Τα ταξίδια πραγματοποιούνται σε ελληνικά λιμάνια και οι μαθητές συμμετέχουν επιπρόσθετα σε αριθμό ασκήσεων πάνω στα πλοία του στόλου.

ΔΙΔΑΣΚΟΜΕΝΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ
Τα μαθήματα που διδάσκονται στην σχολή χωρίζονται σε δύο κατηγορίες:
Α) Τα γενικά που διδάσκονται σε όλους τους μαθητές ΣΜΥΝ και κατά τα δύο έτη σπουδών.
Β) Τα Ειδικά, που διδάσκονται χωριστά σε κάθε μια από τις ειδικότητες και τέχνες που κατανέμονται στους μαθητές της ΣΜΥΝ.
ΓΕΝΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ
Ξένη γλώσσα (Αγγλικά), Μαθηματικά, Ναυτικοί κανονισμοί, Ναυτική ιστορία, Ηλεκτρονικοί υπολογιστές, Απογραφές, Βασικά ηλεκτρονικά, Βασικός Ηλεκτρισμός, Εφόλκια-Πρωρατικά-Ναυτική τέχνη, Φυσική αγωγή-αθλητισμός, Πεζικές ασκήσεις-φορητά όπλα-πυρά.
ΕΙΔΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ
Τόσο ο αριθμός των ειδικών μαθημάτων όσο και η ύλη τους είναι συνάρτηση της ειδικότητας και αφορούν σε αντικείμενα συσκευών και μηχανών που υφίστανται στα πλοία του Πολεμικού Ναυτικού αλλά και μαθήματα γενικότερου ενδιαφέροντος απαραίτητα σε ορισμένες ειδικότητες (π.χ. Ηλεκτρισμός-Θεωρία ηλεκτροτεχνίας-Ηλεκτρονικά-Εργαστήρια Η/Λ-Η/Ν κ.λ.π.).