Οι σπουδές στο Τμήμα διαρκούν πέντε έτη (δέκα εξάμηνα) και οργανώνονται με τον ακόλουθο τρόπο:
Το εκπαιδευτικό έργο κάθε ακαδημαϊκού έτους χωρίζεται σε δύο εξάμηνα, το χειμερινό και το εαρινό. Οι ακριβείς ημερομηνίες για την έναρξη και τη λήξη των εξαμήνων αυτών καθορίζονται κάθε ακαδημαϊκό έτος με απόφαση της Δ.Ε. του Π. Θεσσαλίας. Τα δέκα εξάμηνα σπουδών διαρθρώνονται σε δύο ενότητες.
Στην πρώτη ενότητα, διάρκειας τεσσάρων εξαμήνων, διδάσκονται αντικείμενα των βασικών επιστημών βιολογικού, τεχνικού, οικονομικού και κοινωνικού περιεχομένου.

Η Φυτική Παραγωγή (Φ.Π) προσφέρει τις σύχρονες γνώσεις που απαιτούνται για την παραγωγή γεωργικών προϊόντων στη σύχρονη ανταγωνιστική γεωργία. Ειδικότερα παρέχει τις γνώσεις για την αξιοποίηση του γενετικά βελτιωμένου πολλαπλασιαστικού υλικού (εγγενούς-αγενούς), του εδάφους, της εκμηχάνισης και του νερού και επί της καταπολέμησης των εχθρών και ασθενειών των φυτών. Η κύρια έμφαση δίδεται στη γενετική βελτίωση των φυτών και παραγωγή πολλαπλασιαστικού υλικού.

1ο Εξάμηνο
Μαθηματικά, Γεωργική Ζωολογία, Γενική και Ανόργανη Χημεία, Γεωλογία - Ορυκτολογία - Πετρολογία, Γενική Βιολογία

2ο Εξάμηνο
Εισαγωγή στην Πληροφορική, Γενική Μικροβιολογία, Στατιστική, Φυσική, Οργανική Χημεία

3ο Εξάμηνο
Βιοχημεία, Μορφολογία- Ανατομία Φυτών, Εδαφολογία, Εισαγωγή στο Θαλάσσιο Περιβάλλον, Επιλογή -Α, Επιλογές -Α, Κοινωνιολογία- Συνεργατισμός, Γεωρ. Ανάπτυξη(Εφαρμογές-Γεωρ. Πολιτική- Εμπορία Γεωργικών Προϊόντων )

4ο Εξάμηνο
Οικολογία, Συστηματική Βοτανική, Γενετική, Υδραυλική, Σεμινάριο Εισαγωγή στις Γεωπονικές Επιστήμες, Αρχές Γεωρ. Οικον. & Οργάνωση Γεωρ. Επι/σεων, Επιλογή -Β, Επιλογές -Β, Γεωργική Μηχανική-Τοπογραφία, Μετεωρολογία-Κλιματολογία


5ο Εξάμηνο
Γενική Φυτοπαθολογία, Δενδροκομία Ι, Φυσιολογία Φυτών, Βιομετρία, Επιλογή - Ε1, Επιλογή - Ε1,
Μελισσοκομία - Σηροτροφία, Γενική Ωκεανογραφία

6ο Εξάμηνο
Γεωργική Φαρμακολογία, Γονιμότητα Εδαφών- Λιπάσματα- Θρέψη Φυτών, Αρδεύσεις-Στραγγίσεις
Γενική Γεωργία, Γενική Εντομολογία, Επιλογή- Ε2, Επιλογές -Ε2, Παραγωγή Αγενώς, Πολλαπλασιαζόμενου Υλικού, Ρύπανση Εδαφών-Βελτίωση, Διαχ. Προβλ. Εδαφών



7ο Εξάμηνο
Ειδική Γεωργία Ι, Γενετική Φυτών, Γεωργική Μηχανολογία, Γεωργικές Κατασκευές- Έλεγχος Περιβάλλοντος Μονάδων Φυτ. Παραγωγής, Επιλογή- Ε3, Επιλογές-Ε3, Υδρολογία, Εισαγωγή στην Προσομοίωση Ανάπτυξης Καλ/γειών, Γένεση- Ταξινόμηση και Χαρτογράφηση Εδαφών


8ο Εξάμηνο
Ειδική Γεωργία ΙΙ, Δενδροκομία ΙΙ, Εφαρμοσμένη Εντομολογία, Ειδική Φυτοπαθολογία, Επιλογή -Ε4, Επιλογές -Ε4, Ενεργειακές Τεχνολογίες στη Γεωργία, Αρωματικά-Φαρμακευτικά Φυτά & Παρ/γής Ενέργειας, Τεχνολογία και Μεταποίηση Γεωργικών Προϊόντων


9ο Εξάμηνο
Γεωργικός Πειραματισμός, Γενετική Βελτίωση Φυτών, Αμπελουργία, Αγρομετεωρολογία, Επιλογή- Ε5, Επιλογή- Ε5


10ο Εξάμηνο
Σποροπαραγωγή & Τεχνολογία Σπόρου, Ζιζανιολογία, Λαχανοκομία, Επιλογή-Ε6, Επιλογή- Ε6, Επιλογή-Ε6