Σκοπός του Τμήματος είναι η δημιουργία εξειδικευμένων επιστημόνων, ικανών να ασχοληθούν με οικολογικές και περιβαλλοντικές μελέτες, σχετικές με τον θαλάσσιο χώρο, τις θαλάσσιες εγκαταστάσεις και τις παράκτιες κατασκευές. Επιπλέον οι φοιτητές αποκτούν γνώσεις στους τομείς της οικονομίας και νομοθεσίας, σχετικές με τις θαλάσσιες και παράκτιες δραστηριότητες, που επηρεάζονται από τις φυσικές, χημικές, βιολογικές και γεωλογικές διεργασίες.

Το Τμήμα οργανώνεται στους παρακάτω τρεις Τομείς:
(α) Τομέας Θαλασσίων Διεργασιών
Το θεματικό αντικείμενο αναφέρεται στα γνωστικά αντικείμενα :
1. Φυσικών Διεργασιών
2. Χημικών Διεργασιών
3. Γεωλογικών Διεργασιών
4. Βιολογικών Διεργασιών
(β) Τομέας Θαλασσίων Πόρων
Το θεματικό αντικείμενο αναφέρεται στα γνωστικά αντικείμενα :
Αλιείας
Υδατοκαλλιεργειών
Βιοτεχνολογίας
Ορυκτών Πόρων
(γ) Τομέας Θαλασσίων Εφαρμογών
Το θεματικό αντικείμενο αναφέρεται στα γνωστικά αντικείμενα :
1. Τηλεπισκόπησης
2. Θεματικής Χαρτογραφίας
3. Παράκτιων & Υποθαλάσσιων Εφαρμογών
4. Επιχειρησιακής Ωκεανογραφίας
5. Μελέτης της Διάβρωσης Υλικών
6. Εφαρμογής της Ρομποτικής στον υποθαλάσσιο χώρο
Επίσης θα γίνει προσέγγιση των παρακάτω αντικειμένων :
Κλιματικές Αλλαγές
Καταγραφή Πόρων
Χωρική Έκταση της Ρύπανσης
Επιχειρησιακή Ωκεανογραφία
Παρακολούθηση Ωκεανογραφικών Παραμέτρων & Παραμέτρων Ρύπανσης σε πραγματικό χρόνο

Α. ΕΞΑΜΗΝΟ
ΥΠΟΧΡΕΩΤΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ: Γενική Χημεία, Βιολογία, Εισαγωγή στις Γεωεπιστήμες , Aπειροστικός Λογισμός,Εισαγωγή στις Θαλάσσιες Επιστήμες, Αρχιτεκτονική και Προγραμματισμός Ηλεκτρονικού Υπολογιστή

Β. ΕΞΑΜΗΝΟ
ΥΠΟΧΡΕΩΤΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ: Θαλάσσια Βιολογία, Αναλυτική Χημεία, Φυσική, Γραμμική ’λγεβρα και Διαφορικές Εξισώσεις
Στατιστική, Αριθμητική Ανάλυση

Γ. ΕΞΑΜΗΝΟ
ΥΠΟΧΡΕΩΤΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ: Θαλάσσια Οικολογία, Χημική Ωκεανογραφία Ι, Λογισμός Πολλών Μεταβλητών, Φυσική του Θαλάσσιου Περιβάλλοντος
ΚΑΤ' ΕΠΙΛΟΓΗΝ ΥΠΟΧΡΕΩΤΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ: Μεθοδολογίες Λήψης και Επεξεργασίας Δειγμάτων, Βιοποικιλότητα, Παράκτια Γεωλογία, Πολυδιάστατη Στατιστική Ανάλυση

Δ. ΕΞΑΜΗΝΟ
ΥΠΟΧΡΕΩΤΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ: Ιχθυολογία, Ιζηματολογία, Φυσική Ωκεανογραφία, Θαλάσσια Περιβαλλοντική Γεωχημεία
ΚΑΤ' ΕΠΙΛΟΓΗΝ ΥΠΟΧΡΕΩΤΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ: Χημική Ωκεανογραφία ΙΙ, Εφαρμοσμένη, Σατιστική, Ειδικά Κεφάλαια Μαθηματικών, Φυσική της Ατμόσφαιρας

Ε. ΕΞΑΜΗΝΟ
ΥΠΟΧΡΕΩΤΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ: Θαλάσσια Μετεωρολογία και Κλιματολογία, Υδατοκαλλιέργειες, Εισαγωγή στην Θαλάσσια Βιοτεχνολογία, Γεωγραφικά Συστήματα Πληροφοριών
ΚΑΤ' ΕΠΙΛΟΓΗΝ ΥΠΟΧΡΕΩΤΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ: Μοντέλα Προσομοίωσης,Υδατική Τοξικολογία, Θαλάσσια Κυματική, Θαλάσσιοι Ορυκτοί Πόροι

ΣΤ. ΕΞΑΜΗΝΟ
ΥΠΟΧΡΕΩΤΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ: Αλιευτική Βιολογία, Μικροβιακή Οικολογία, Δυναμική Θαλασσίων Οικοσυστημάτων, Θαλάσσια Οπτική και Τηλεπισκόπηση
ΚΑΤ' ΕΠΙΛΟΓΗΝ ΥΠΟΧΡΕΩΤΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ: Επιχειρησιακή Ωκεανογραφία, Διαχείριση Μονάδων Υδατοκαλλιέργειας, Υφάλμυρα Οικοσυστήματα, Θαλάσσια Οργανική Χημεία

Ζ. ΕΞΑΜΗΝΟ
ΥΠΟΧΡΕΩΤΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ: Θαλάσσια Ρύπανση, Αλιευτική Διαχείριση,Παράκτια Μηχανική, Παθογόνοι Μικροοργανισμοί
ΚΑΤ' ΕΠΙΛΟΓΗΝ ΥΠΟΧΡΕΩΤΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ: Οικονομικά Θαλασσίων Βιολογικών Πόρων, Διαχείριση Παράκτιας Ζώνης, Βιογεωχημικές Διεργασίες, Εφαρμογές ΓΣΠ στο Θαλάσσιο Περιβάλλον

Η. ΕΞΑΜΗΝΟ
ΥΠΟΧΡΕΩΤΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ: Πτυχιακή Εργασία, Δίκαιο Θαλασσίου Περιβάλλοντος, Βενθικά Οικοσυστήματα, Θεωρία και Πρακτική Μελετών Περιβαλλοντικών Επιπτώσεων
ΚΑΤ' ΕΠΙΛΟΓΗΝ ΥΠΟΧΡΕΩΤΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ: Παράκτιες και Υποθαλάσσιες Εφαρμογές, Πρωτογενής Παραγωγή, Παθογόνοι Μικροοργανισμοί-Ειδικά Θέματα,Δορυφορική Ωκεανογραφία