Τα τμήματα Θεολογίας σκοπό έχουν να προσφέρουν στους φοιτητές τους τη δυνατότητα να ερευνούν και να μελετούν την Ορθόδοξη Θεολογία, καλλιεργούν τους Πρακτικούς Κλάδους της Θεολογίας (Ποιμαντική, Κοινωνιολογία της Θρησκείας, Σύγχρονα Ιδεολογικά Ρεύματα), αλλά και να δημιουργούν την απαραίτητη επικοινωνία Εκκλησίας-Κοινωνίας.
Στα τμήματα Ποιμαντικής, εκτός από τους υποψηφίους του Ενιαίου Λυκείου, εισάγονται απόφοιτοι Εκκλησιαστικών Λυκείων και Κληρικοί Μοναχοί. Για κάθε μία από αυτές τις κατηγορίες υποψηφίων διατίθεται ξεχωριστό ποσοστό θέσεων εισακτέων.

1ο ΕΞΑΜΗΝΟ Υποχρεωτικά μαθήματα Εισαγωγή στη Θεολογία, Εισαγωγή στην Παλαιά Διαθήκη, Εισαγωγή στην Καινή Διαθήκη, Εκκλησιαστική Ιστορία (γενική), Εισαγωγή στη Χριστιανική Γραμματεία, Λειτουργική (Εισαγωγή στη Θεία Λατρεία), Αρχαία Ελληνικά, Εισαγωγή στην Ψυχολογία.
2ο ΕΞΑΜΗΝΟ Υποχρεωτικά μαθήματα Ερμηνεία της Παλαιάς Διαθήκης, Ερμηνεία Ευαγγελίων της Καινής Διαθήκης, Εκκλησιαστική Ιστορία (Ελλάδος – Κύπρου), Εκκλησιαστική Ιστορία (Γενική), Ξένα Θρησκεύματα, Αρχαία Ελληνικά, Εισαγωγή στη Φιλοσοφία, Εισαγωγή στην Επιστημονική Μεθοδολογία, Εκκλησιαστική Μουσική. Μαθήματα Επιλογής Επιλέγεται 1 Μάθημα Εαρινού Εξαμήνου.
3ο ΕΞΑΜΗΝΟ Υποχρεωτικά μαθήματα Εκκλησιαστική Ιστορία, Ιστορία και Σύγχρονη Κατάσταση Οικουμενικού Πατριαρχείου, Εκκλησιαστική Γραμματολογία (Πατρολογία ΙΙ), Ξένα Θρησκεύματα, Χριστιανική και Βυζαντινή Αρχαιολογία και Τέχνη, Εισαγωγή στην Κοινωνιολογία, Ποιμαντική Ψυχολογία, Εκκλησιστική Μουσική. Μαθήματα Επιλογής Επιλέγονται 2 Μαθήματα Χειμερινού Εξαμήνου.
4ο ΕΞΑΜΗΝΟ Υποχρεωτικά μαθήματα Θεολογία της Παλαιάς Διαθήκης, Ερμηνεία Επιστολών της Καινής Διαθήκης, Εκκλησιαστική Ιστορία (Σλαβικών Εκκλησιών, Εκκλησιών Ρουμανίας – Αλβανίας – Γεωργίας), Θεολογία των Πατέρων (Πατρολογία ΙΙΙ), Εκκλησιαστική Γραμματολογία (Πατρολογία ΙΙΙ), Χριστιανική και Βυζαντινή Θεολογία και Τέχνη, Ποιμαντική Ψυχολογία, Ιστορία του Ελληνισμού. Μαθήματα Επιλογής Επιλέγεται 1 Μάθημα Εαρινού Εξαμήνου.
5ο ΕΞΑΜΗΝΟ Υποχρεωτικά μαθήματα Ερμηνεία και Θεολογία της Καινής Διαθήκης, Θεολογία των Πατέρων (Πατρολογία ΙΙΙ), Εκκλησιαστική Γραμματολογία (Πατρολογία ΙΙ), Χριστιανική και Βυζαντινή Αρχαιολογία και Τέχνη, Ιστορία Δογμάτων, Ομιλητική (Ιστορία του Κηρύγματος) Υμνολογία, Σύγχρονες Χριστιανικές Αιρέσεις. Μαθήματα Επιλογής Επιλέγεται 1 Μάθημα Χειμερινού Εξαμήνου.
6ο ΕΞΑΜΗΝΟ Υποχρεωτικά μαθήματα Θεολογία των Πατέρων (Πατρολογία ΙΙΙ), Εκκλησιαστική Γραμματολογία (Πατρολογία ΙΙ) Χριστιανική και Βυζαντινή Αρχαιλογία και Τέχνη, Διορθόδοξες – Διαχριστιανικές Σχέσεις Ιστορία Οικουμενικών Κινήσεων, Δογματική και Συμβολική, Ερμηνεία Δογματικών και Συμβολικών Κειμένων, Ομιλητική (Θεωρία του κηρύγματος), Αγιολογία και Εορτολόγια, Ιεραποστολική. Μαθήματα Επιλογής Επιλέγεται 1 Μάθημα Εαρινού Εξαμήνου.
7ο ΕΞΑΜΗΝΟ Υποχρεωτικά μαθήματα Ερμηνεία Πατέρων (Πατρολογία IV), Χριστιανική Ηθική, Λειτουργική (Ιστορία και Θεολογία της Λατρείας), Κανονικό Δίκαιο (Κανονικό Δίκαιο ΙΙ), Πηγές του Κανονικού Δικαίου (Κανονικό Δίκαιο Ι), Ποιμαντική, Παιδαγωγικά. Μαθήματα Επιλογής Επιλέγονται 2 Μαθήματα Χειμερινού Εξαμήνου.
8ο ΕΞΑΜΗΝΟ Υποχρεωτικά μαθήματα Δογματική και Συμβολική, Ερμηνεία Δογματικών και Συμβολικών Κειμένων, Χριστιανική Ηθική, Λειτουργική: Λειτουργικοί Τύποι – Βυζαντινό Ευχολόγιο, Κανονικό Δίκαιο (Κανονικό Δίκαιο ΙΙ), Ποιμαντική, Παιδαγωγικά. Μαθήματα Επιλογής Επιλέγονται 2 Μαθήματα Εαρινού Εξαμήνου.


Μαθήματα Επιλογής Χειμερινού Εξαμήνου Ορθόδοξος Μοναχισμός, Το ’γιο Όρος στην Ιστορία, Χριστιανική Μακεδονία – Θράκη – Ήπειρος, Πατερικά Θεολογικά Προβλήματα ΙΓ' αιώνα. Θεόδωρος Β' Λάσκαρης, Ιστορία Σχέσεων Εκκλησιών Ρώμης – Κωνσταντινουπόλεως μετά τη σύνοδο Φερράρας Φλωρεντίας, Η Περί του Όρους Χαλκηδόνος Γραμματεία, Ελληνικά Χειρόγραφα και Βιβλία στις Βαλκανικές Χώρες και στη Ρωσία (16ος – 19ος αιώνας), Η Θράκη κατά τα Τέλη του 19ου αι. (Εκκλησία, Λόγιοι, Εκπαίδευση, Πολιτική), Στοιχεία Εβραϊκής Γλώσσας, Θεολογία και Παιδεία κατά τον ΙΒ' και ΙΓ' αιώνα, Θέματα Εντοίχειας Ζωγραφικής, Το Ισλάμ-Ιστορική Εξέλιξη. Σύγχρονα Ρεύματα, Παραστάσεις εκ της Παλαιάς Διαθήκης στη Βυζαντινή Εικονογραφία, Περί Κακού και Σατανικών Δυνάμεων, Οι Πράξεις των Αποστόλων, Κανονικολειτουργικά Θέματα, Προβλήματα στο Βυζάντιο κατά το 13ο αιώνα, Σύγχρονα Ποιμαντικά Θέματα.
Μαθήματα Επιλογής Εαρινού Εξαμήνου Ο ’γιος Νεκτάριος ως διδάσκαλος και Θεολόγος, Το ’γιο Όρος στο Παρόν, Ιερά Προσκυνήματα – Προπύργια της Ορθοδοξίας (Πρεσβυγενή και Νεότερα Πατριαρχεία, Αυτοκέφαλες και Αυτόνομες Εκκλησίες), Η Αυθεντία της Εκκλησίας – το Κύρος της Παραδόσεως και η διδασκαλία των Πατέρων, Ιστορία και Σύγχρονη Κατάσταση των Αντιχαλκηδονίων Εκκλησιών, Ελληνική Παλαιογραφία και Επιγραφική, Οικολογία και Αγωγή, Ιστορία της Θεσσαλονίκης κατά τις Ύστερες Βυζαντινές και Μεταβυζαντινές Πηγές (14ος – 18ος αι.), Εθνογραφικά και Ιστορικά Βλαχόφωνου και Ποντιακού Ελληνισμού, Βιβλική Ανθρωπολογία και Κοσμολογία, Κοινή και Μεσαιωνική Γλώσσα, Θεολογία και Φιλοσοφία κατά το ΙΔ' αιώνα στη Θεσσαλονίκη, ’γιος Όρος. Ιστορικά Στοιχεία – Οργάνωση Μοναχικού Βίου - Ιερές Μονές – Αρχιτεκτονική – Μνημειακή Ζωγραφική – Ιερά Κειμήλια, Το Θρησκευτικό Στοιχείο στην Αρχαία Ελληνική Τραγωδία, Τα Χριστιανικά Μνημεία της Θεσσαλονίκης, Θεολογία – Οικονομία κατά τον ’γιο Γρηγόριο Θεολόγο, Η προς Γαλάτας Επιστολή, Ειδικά Θέματα Κανονικού Δικαίου, Βυζαντινή Φιλοσοφία κατά το 14ο αιώνα, Εξομολογητική, Λατινικά.