Τα τμήματα Θεολογίας σκοπό έχουν να προσφέρουν στους φοιτητές τους τη δυνατότητα να ερευνούν και να μελετούν την Ορθόδοξη Θεολογία, καλλιεργούν τους Πρακτικούς Κλάδους της Θεολογίας (Ποιμαντική, Κοινωνιολογία της Θρησκείας, Σύγχρονα Ιδεολογικά Ρεύματα), αλλά και να δημιουργούν την απαραίτητη επικοινωνία Εκκλησίας-Κοινωνίας.

Η Θεολογία, ως βασική λειτουργία της συνειδήσεως της Εκκλησίας, αναφέρεται άμεσα στο περιεχόμενο της αλήθειας της πίστεως και είναι έλλογος καρπός της σπουδής και μελέτης του όλου έργου της Θείας Οικονομίας, από τη δημιουργία του κόσμου μέχρι τα έσχατα, όπως αυτό πραγματώνεται από την Εκκλησία στον χρόνο και στην Ιστορία.
Η πραγμάτωση της ιστορικής αποστολής της Εκκλησίας συνδέθηκε με την πρόσληψη του κόσμου και την προσαρμογή του λυτρωτικού μηνύματός της στις συνθήκες και στα αιτήματα κάθε τόπου και κάθε εποχής. Η πνευματική αυτή διαδικασία της ιστορικής εμπειρίας της Εκκλησίας αποτυπώθηκε στη διατύπωση του περιεχομένου της πίστεως, στη θεσμική έκφραση των δομών της Εκκλησίας, στην οργάνωση της λατρείας και γενικότερα σε όλες τις μορφές του εκκλησιαστικού βίου, οι οποίες αποτελούν και το γνωστικό αντικείμενο του Τμήματος Θεολογίας.Στα πλαίσια αυτά, και για διδακτικούς κυρίως λόγους, τα υποχρεωτικά και τα επιλεγόμενα μαθήματα του προγράμματος σπουδών του Τμήματος Θεολογίας κατανέμονται σε τέσσερις Τομείς, δηλαδή τον Ερμηνευτικό, τον Ιστορικό, της Συστηματικής θεολογίας και των Πατερικών Σπουδών, Ιστορίας Δογμάτων και Συμβολικής, οι οποίοι καλύπτουν τους βασικούς τομείς της Θεολογίας.

Ο Ερμηνευτικός Τομέας
Ερευνά το περιεχόμενο της Αγίας Γραφής, ήτοι της Π. Διαθήκης και της Κ. Διαθήκης μέσα στα πλαίσια της Θείας Αποκαλύψεως και των συγκεκριμένων ιστορικών συνθηκών για την πραγματοποίηση του σχεδίου της Θείας Οικονομίας.

Ο Ιστορικός Τομέας
Ερευνά και αναλύει την ιστορική εμπειρία της Εκκλησίας σε κάθε εποχή και σε κάθε τόπο για την εκπλήρωση της αποστολής της στον κόσμο, σύμφωνα με την εντολή του Ιδρυτή της, με το περιεχόμενο της αποστολικής παρακαταθήκης και με την ιδιαιτερότητα των προβλημάτων κάθε εποχής.

Ο Τομέας της Συστηματικής Θεολογίας
Ερευνά και εκθέτει με συστηματικό τρόπο το περιεχόμενο της χριστιανικής πίστεως, όπως αυτό βιώθηκε από την Εκκλησία, σε διαλεκτική σχέση προς την αίρεση ή την ετεροδοξία.

Ο Τομέας Πατερικών Σπουδών, Ιστορίας Δογμάτων και Συμβολικής
Ερευνά και αναλύει το περιεχόμενο της διδασκαλίας των Πατέρων της Εκκλησίας, τη διατύπωση των δογματικών αληθειών της πίστεως από τις Οικουμενικές Συνόδους και τις ιστορικές διαφοροποιήσεις από την ενότητα της πατερικής παραδόσεως και της πίστεως της Εκκλησίας.